Publications

Publications Search

Search for publications by author
Search for publications by abstract keyword(s)

Search results

31 items matching your search terms.
The Sequencing Quality Control 2 study: establishing community standards for sequencing in precision medicine
Mercer, T. R.; Xu, J.; Mason, C. E.; Tong, W.; Consortium, Maqc Seqc
GENOME BIOLOGY 22 (1) :306, 2021 10.1186/s13059-021-02528-3
Evaluating the analytical validity of circulating tumor DNA sequencing assays for precision oncology
Deveson, I. W.; Gong, B.; Lai, K.; LoCoco, J. S.; Richmond, T. A.; Schageman, J.; Zhang, Z.; Novoradovskaya, N.; Willey, J. C.; Jones, W.; Kusko, R.; Chen, G.; Madala, B. S.; Blackburn, J.; Stevanovski, I.; Bhandari, A.; Close, D.; Conroy, J.; Hubank, M.; Marella, N.; Mieczkowski, P. A.; Qiu, F.; Sebra, R.; Stetson, D.; Sun, L.; Szankasi, P.; Tan, H.; Tang, L. Y.; Arib, H.; Best, H.; Burgher, B.; Bushel, P. R.; Casey, F.; Cawley, S.; Chang, C. J.; Choi, J.; Dinis, J.; Duncan, D.; Eterovic, A. K.; Feng, L.; Ghosal, A.; Giorda, K.; Glenn, S.; Happe, S.; Haseley, N.; Horvath, K.; Hung, L. Y.; Jarosz, M.; Kushwaha, G.; Li, D.; Li, Q. Z.; Li, Z.; Liu, L. C.; Liu, Z.; Ma, C.; Mason, C. E.; Megherbi, D. B.; Morrison, T.; Pabon-Pena, C.; Pirooznia, M.; Proszek, P. Z.; Raymond, A.; Rindler, P.; Ringler, R.; Scherer, A.; Shaknovich, R.; Shi, T.; Smith, M.; Song, P.; Strahl, M.; Thodima, V. J.; Tom, N.; Verma, S.; Wang, J.; Wu, L.; Xiao, W.; Xu, C.; Yang, M.; Zhang, G.; Zhang, S.; Zhang, Y.; Shi, L.; Tong, W.; Johann, D. J., Jr.; Mercer, T. R.; Xu, J.; Group, Seqc Oncopanel Sequencing Working
NATURE BIOTECHNOLOGY 39 (9) :1115-1128, 2021 10.1038/s41587-021-00857-z
Toward best practice in cancer mutation detection with whole-genome and whole-exome sequencing
Xiao, W.; Ren, L.; Chen, Z.; Fang, L. T.; Zhao, Y.; Lack, J.; Guan, M.; Zhu, B.; Jaeger, E.; Kerrigan, L.; Blomquist, T. M.; Hung, T.; Sultan, M.; Idler, K.; Lu, C.; Scherer, A.; Kusko, R.; Moos, M.; Xiao, C.; Sherry, S. T.; Abaan, O. D.; Chen, W.; Chen, X.; Nordlund, J.; Liljedahl, U.; Maestro, R.; Polano, M.; Drabek, J.; Vojta, P.; Koks, S.; Reimann, E.; Madala, B. S.; Mercer, T.; Miller, C.; Jacob, H.; Truong, T.; Moshrefi, A.; Natarajan, A.; Granat, A.; Schroth, G. P.; Kalamegham, R.; Peters, E.; Petitjean, V.; Walton, A.; Shen, T. W.; Talsania, K.; Vera, C. J.; Langenbach, K.; de Mars, M.; Hipp, J. A.; Willey, J. C.; Wang, J.; Shetty, J.; Kriga, Y.; Raziuddin, A.; Tran, B.; Zheng, Y.; Yu, Y.; Cam, M.; Jailwala, P.; Nguyen, C.; Meerzaman, D.; Chen, Q.; Yan, C.; Ernest, B.; Mehra, U.; Jensen, R. V.; Jones, W.; Li, J. L.; Papas, B. N.; Pirooznia, M.; Chen, Y. C.; Seifuddin, F.; Li, Z.; Liu, X.; Resch, W.; Wang, J.; Wu, L.; Yavas, G.; Miles, C.; Ning, B.; Tong, W.; Mason, C. E.; Donaldson, E.; Lababidi, S.; Staudt, L. M.; Tezak, Z.; Hong, H.; Wang, C.; Shi, L.
NATURE BIOTECHNOLOGY 39 (9) :1141-1150, 2021 10.1038/s41587-021-00994-5
Testing at scale during the COVID-19 pandemic
Mercer, T. R.; Salit, M.
NATURE REVIEWS GENETICS 22 (7) :415-426, 2021 10.1038/s41576-021-00360-w
Chimeric synthetic reference standards enable cross-validation of positive and negative controls in SARS-CoV-2 molecular tests
Madala, B. S.; Reis, A. L. M.; Deveson, I. W.; Rawlinson, W.; Mercer, T. R.
Scientific Reports 11 (1) :2636, 2021 10.1038/s41598-021-81760-0
Cross-oncopanel study reveals high sensitivity and accuracy with overall analytical performance depending on genomic regions
Gong, B.; Li, D.; Kusko, R.; Novoradovskaya, N.; Zhang, Y.; Wang, S.; Pabon-Pena, C.; Zhang, Z.; Lai, K.; Cai, W.; LoCoco, J. S.; Lader, E.; Richmond, T. A.; Mittal, V. K.; Liu, L. C.; Johann, D. J., Jr.; Willey, J. C.; Bushel, P. R.; Yu, Y.; Xu, C.; Chen, G.; Burgess, D.; Cawley, S.; Giorda, K.; Haseley, N.; Qiu, F.; Wilkins, K.; Arib, H.; Attwooll, C.; Babson, K.; Bao, L.; Bao, W.; Lucas, A. B.; Best, H.; Bhandari, A.; Bisgin, H.; Blackburn, J.; Blomquist, T. M.; Boardman, L.; Burgher, B.; Butler, D. J.; Chang, C. J.; Chaubey, A.; Chen, T.; Chierici, M.; Chin, C. R.; Close, D.; Conroy, J.; Coleman, J. C.; Craig, D. J.; Crawford, E.; Del Pozo, A.; Deveson, I. W.; Duncan, D.; Eterovic, A. K.; Fan, X.; Foox, J.; Furlanello, C.; Ghosal, A.; Glenn, S.; Guan, M.; Haag, C.; Hang, X.; Happe, S.; Hennigan, B.; Hipp, J.; Hong, H.; Horvath, K.; Hu, J.; Hung, L. Y.; Jarosz, M.; Kerkhof, J.; Kipp, B.; Kreil, D. P.; Labaj, P.; Lapunzina, P.; Li, P.; Li, Q. Z.; Li, W.; Li, Z.; Liang, Y.; Liu, S.; Liu, Z.; Ma, C.; Marella, N.; Martin-Arenas, R.; Megherbi, D. B.; Meng, Q.; Mieczkowski, P. A.; Morrison, T.; Muzny, D.; Ning, B.; Parsons, B. L.; Paweletz, C. P.; Pirooznia, M.; Qu, W.; Raymond, A.; Rindler, P.; Ringler, R.; Sadikovic, B.; Scherer, A.; Schulze, E.; Sebra, R.; Shaknovich, R.; Shi, Q.; Shi, T.; Silla-Castro, J. C.; Smith, M.; Lopez, M. S.; Song, P.; Stetson, D.; Strahl, M.; Stuart, A.; Supplee, J.; Szankasi, P.; Tan, H.; Tang, L. Y.; Tao, Y.; Thakkar, S.; Thierry-Mieg, D.; Thierry-Mieg, J.; Thodima, V. J.; Thomas, D.; Tichy, B.; Tom, N.; Garcia, E. V.; Verma, S.; Walker, K.; Wang, C.; Wang, J.; Wang, Y.; Wen, Z.; Wirta, V.; Wu, L.; Xiao, C.; Xiao, W.; Xu, S.; Yang, M.; Ying, J.; Yip, S. H.; Zhang, G.; Zhang, S.; Zhao, M.; Zheng, Y.; Zhou, X.; Mason, C. E.; Mercer, T.; Tong, W.; Shi, L.; Jones, W.; Xu, J.
GENOME BIOLOGY 22 (1) :109, 2021 10.1186/s13059-021-02315-0
Lymphoma Driver Mutations in the Pathogenic Evolution of an Iconic Human Autoantibody
Singh, M.; Jackson, K. J. L.; Wang, J. J.; Schofield, P.; Field, M. A.; Koppstein, D.; Peters, T. J.; Burnett, D. L.; Rizzetto, S.; Nevoltris, D.; Masle-Farquhar, E.; Faulks, M. L.; Russell, A.; Gokal, D.; Hanioka, A.; Horikawa, K.; Colella, A. D.; Chataway, T. K.; Blackburn, J.; Mercer, T. R.; Langley, D. B.; Goodall, D. M.; Jefferis, R.; Gangadharan Komala, M.; Kelleher, A. D.; Suan, D.; Rischmueller, M.; Christ, D.; Brink, R.; Luciani, F.; Gordon, T. P.; Goodnow, C. C.; Reed, J. H.
CELL 180 (5) :878-894 e19, 2020 10.1016/j.cell.2020.01.029
Use of synthetic DNA spike-in controls (sequins) for human genome sequencing
Blackburn, J.; Wong, T.; Madala, B. S.; Barker, C.; Hardwick, S. A.; Reis, A. L. M.; Deveson, I. W.; Mercer, T. R.
Nature Protocols 14 (7) :2119-2151, 2019 10.1038/s41596-019-0175-1
OpenAccess publication TMPRSS2-ERG fusions linked to prostate cancer racial health disparities: A focus on Africa
Blackburn, J.; Vecchiarelli, S.; Heyer, E. E.; Patrick, S. M.; Lyons, R. J.; Jaratlerdsiri, W.; van Zyl, S.; Bornman, M. S. R.; Mercer, T. R.; Hayes, V. M.
PROSTATE 79 (10) :1191-1196, 2019 10.1002/pros.23823
OpenAccess publication Targeted, High-Resolution RNA Sequencing of Non-coding Genomic Regions Associated With Neuropsychiatric Functions
Hardwick, S. A.; Bassett, S. D.; Kaczorowski, D.; Blackburn, J.; Barton, K.; Bartonicek, N.; Carswell, S. L.; Tilgner, H. U.; Loy, C.; Halliday, G.; Mercer, T. R.; Smith, M. A.; Mattick, J. S.
Frontiers in Genetics 10 :309, 2019 10.3389/fgene.2019.00309
OpenAccess publication Diagnosis of fusion genes using targeted RNA sequencing
Heyer, E. E.; Deveson, I. W.; Wooi, D.; Selinger, C. I.; Lyons, R. J.; Hayes, V. M.; O'Toole, S. A.; Ballinger, M. L.; Gill, D.; Thomas, D. M.; Mercer, T. R.; Blackburn, J.
Nature Communications 10 (1) :1388, 2019 10.1038/s41467-019-09374-9
Chiral DNA sequences as commutable controls for clinical genomics
Deveson, I. W.; Madala, B. S.; Blackburn, J.; Barker, C.; Wong, T.; Barton, K. M.; Smith, M. A.; Watkins, D. N.; Mercer, T. R.
Nature Communications 10 (1) :1342, 2019 10.1038/s41467-019-09272-0
Synthetic microbe communities provide internal reference standards for metagenome sequencing and analysis
Hardwick, S. A.; Chen, W. Y.; Wong, T.; Kanakamedala, B. S.; Deveson, I. W.; Ongley, S. E.; Santini, N. S.; Marcellin, E.; Smith, M. A.; Nielsen, L. K.; Lovelock, C. E.; Neilan, B. A.; Mercer, T. R.
Nature Communications 9 (1) :3096, 2018 10.1038/s41467-018-05555-0
Machine learning annotation of human branchpoints
Signal, B.; Gloss, B. S.; Dinger, M. E.; Mercer, T. R.
Bioinformatics 34 (6) :920-927, 2018 10.1093/bioinformatics/btx688
OpenAccess publication Universal Alternative Splicing of Noncoding Exons
Deveson, I. W.; Brunck, M. E.; Blackburn, J.; Tseng, E.; Hon, T.; Clark, T. A.; Clark, M. B.; Crawford, J.; Dinger, M. E.; Nielsen, L. K.; Mattick, J. S.; Mercer, T. R.
Cell Systems 6 (2) :p245-255, 2018 10.1016/j.cels.2017.12.005
OpenAccess publication Intergenic disease-associated regions are abundant in novel transcripts
Bartonicek, N.; Clark, M. B.; Quek, X. C.; Torpy, J. R.; Pritchard, A. L.; Maag, J. L. V.; Gloss, B. S.; Crawford, J.; Taft, R. J.; Hayward, N. K.; Montgomery, G. W.; Mattick, J. S.; Mercer, T. R.; Dinger, M. E.
GENOME BIOLOGY 18 (1) :241, 2017 10.1186/s13059-017-1363-3